Embora posteriormente seu tio-avô, Cardeal-Rei D. Henrique, tenha assumido o trono, logo morreu dois anos depois, em 1580. Sendo assim, Felipe II, rei da Espanha e neto do falecido rei português D. Manuel I, foi reconhecido como rei de Portugal, sob as promessas de respeitar os costumes e privilégios dos portugueses.

A União Ibérica se tornou um dos maiores impérios da história. Detentora de toda a tecnologia existente na época, tal associação compreendeu territórios em praticamente todas as partes do mundo.

Para o Brasil, a formação da União Ibérica resultou em significativas mudanças. Uma delas foi a extinção da linha imaginária do Tratado de Tordesilhas, o que permitiu uma expansão para o oeste e para o interior do continente. As entradas, expedições exploratórias realizadas pela Coroa com o fim de encontrar riquezas e capturar índios, resultou em uma efetiva expansão territorial.

Além disso, a União Ibérica abriu precedentes para que os inimigos da Espanha atacassem territórios portugueses para, de forma indireta, afetar os espanhóis. O Brasil foi exemplo claro disto: durante esse período, ingleses, holandeses e franceses tentaram se fixar no Brasil. Entre estas agressões, podemos ressaltar a invasão holandesa em Pernambuco, a qual alcançou o monopólio da atividade açucareira na região e durou cerca de 25 anos (1630 -1654).